去什么部门申请保全小产权房

法院。

1、小产权房的原始所有人（即“大产证所有人”）违法是可以被法院查封的。

2、小产权房的其他居住人违法是无法被法院查封的，理由如下：

（1）小产权房是法律所禁止出售的房屋

（2）小产权房无法办理产证

（3）居住人虽然花钱购买了房屋，但是无法办理产证，因此也就无法确认其所有权，故而法院就难以查封的

（4）但是，原始所有人是可以被查封的，因为其有为宜产证。